春秋时期，今浦口区域先属楚国棠邑，后入吴。战国初，吴亡入越，越亡复归于楚。
秦至东汉末年，区境先后隶属九江郡、临淮郡、广陵郡的棠邑县（后改堂邑县）。
三国时，区境先属魏，后属吴。
晋太康六年（285），于区境西南置乌江县，治乌江镇，隶扬州淮南郡，领今珠江以西地区。西晋永嘉元年（307），于今泰山镇范围内置宣化镇。东晋隆安元年（397），改棠邑为尉氏县，今珠江以东地区、宣化镇隶属秦郡尉氏县。
南朝梁天监元年（502），分尉氏为堂邑、尉氏两县。区境属尉氏县。陈太建元年（569），地入北齐；五年，“江浦”作为地名载入《南史》。
隋文帝以州统县，开皇三年（583），宣化镇改称六合镇。四年，废尉氏、堂邑、方山三县，置六合县。区境分属和州乌江县、方州六合县（原尉氏县）、滁州新昌县。十八年，新昌县改为清流县。
唐初，区境分属淮南道和州乌江县、扬州六合县、滁州清流县。景龙三年（709），分清流县置永阳县。南唐─元二年（938），改永阳县为来安县。
北宋太宗至南宋绍兴年间，区境分属淮南西路和州乌江县及淮南东路真州六合县、滁州来安县。
元代，区境分属河南江北行省庐州路和州乌江县及扬州路真州六合县、滁州来安县。
明初，省乌江县入和州，属庐州府；省来安县入滁州，属凤阳府；六合县改属扬州府。洪武九年（1376）六月，划和州遵教、怀德、任丰、白马4乡及六合县孝义乡和滁州丰城乡、和州一部分置江浦县，隶属南直隶应天府，县治设在浦子口城内（今东门大街）。从此，区境分属应天府的江浦县、扬州府六合县。洪武二十二年，六合县亦改属应天府。
清顺治二年（1645），改应天府为江宁府，区境分属江南省江宁府的江浦、六合2县。咸丰八年（1858）即天历戊午八年，太平天国以江浦县为省治，设天浦省。同治三年（1864），复属江宁府的江浦、六合2县。
民国元年（1912），江苏省行政公署成立，设省、县二级制，江浦直属于省。10月，袁世凯政府将浦口辟为商埠。民国3年，改省、道、县三级制，区境属金陵道。民国16年，国民政府迁都南京，废道，改行省、县二级制，江浦复属省，将浦口商埠区域由江浦县划属南京市。民国22年，江浦改属省第九行政督察区，浦口商埠区域改建为南京市第八区。民国24年，江浦属第十行政督察区。民国26年，原浦口区域复属江浦、六合2县。民国30年起，江浦改属江苏省第五行政督察区。民国35年后，原浦口区域恢复为南京市第八区建制。
民国37年（1948）11月，中共江淮区党委建立江全督导室；民国38年1月，改称江全办事处，隶属江淮第五专员公署。2月，中共华东局撤销江全办事处，成立江浦县政府。
民国38年（1949）4月25日，浦口解放后，江浦县所属的浦镇、东门镇划归南京市，与原浦口并建为南京市两浦区。6月2日，复称南京市第八区。原江浦县隶属安徽省皖北行政公署滁县专署。
1950年6月15日，南京市重新划区，第八区改为第七区。1953年1月，江浦由安徽省划回江苏省，属扬州专区。1955年8月3日，第七区改名浦口区。1956年2月，江浦属镇江专区；1957年1月属扬州专区；1958年7月，属南京市；1962年6月，属扬州专区；1966年3月，划属六合专区；1971年3月，六合专区撤销，复属南京市。
2002年5月，经国务院批准，南京市调整江北地区行政区划，江浦县、浦口区合并，成立新的浦口区。
